При постоянном опоздании сотрудника на работу, ему можно платить по фактически отработанному времени. Причем, данных с пропускной системы и табеля будет достаточно.
Такой ответ дал Роструд на сайте Онлайнинспекция.рф.
Если работник постоянно опаздывает, что зафиксировано в табеле учета рабочего времени и пропускной системой, то можно выплачивать ему зарплату по фактически отработанному времени.
По желанию работодатель дополнительно может каждый раз составлять акты об отсутствии работника на рабочем месте.
Источник: https://www.klerk.ru/buh/news/516612/